A Associação de Patologia Molecular (AMP) e o Colégio de Patologistas Americanos publicaram diretrizes para validação de painéis de oncologia baseados em sequenciamento de próxima geração (do inglês, NGS – Next Generation Sequencing). As recomendações foram publicadas online no The Journal of Molecular Diagnostics. Cristovam Scapulatempo Neto (foto), Diretor Científico da Sociedade Brasileira de Patologia (SBP) e Coordenador da Patologia do Grupo COI comentou para o Onconews.
A AMP convocou e liderou um grupo de trabalho multidisciplinar para resumir o conhecimento atual, expor os desafios e fornecer orientações sobre como validar melhor esses testes. O objetivo é contribuir para a obtenção de resultados de alta qualidade em testes de sequenciamento e oferecer melhores cuidados para pacientes com câncer.
“Na era da medicina de precisão, NGS tornou-se rapidamente o método de escolha para detectar múltiplas variantes somáticas, diagnosticar doenças e prever a resposta a terapias-alvo. No entanto, o processo de validação analítica necessário permanece desafiador", disse Lawrence Jennings, presidente do grupo de trabalho que desenvolveu as diretrizes e patologista do Ann and Robert H. Lurie Children’s Hospital, em Chicago.
O relatório é baseado em uma revisão da literatura, dados empíricos, pesquisas atuais de prática de laboratórios, feedback de várias reuniões públicas e experiências profissionais de especialistas. O trabalho segue as diretrizes previamente publicadas sobre a interpretação de sequências de variantes oncológicas. A AMP planeja publicar o próximo artigo de acompanhamento desta série enfocando a análise da bioinformática NGS no final deste ano.
“O guideline explica todos os passos para implementação e validação dos painéis baseados em NGS e dá dicas de onde conseguir os controles e quais os resultados desejados. Um trabalho minucioso, difícil e caro, que infelizmente não é cobrado por nossos órgãos regulamentadores para que um laboratório possa oferecer esse serviço”, afirma o patologista.
As diretrizes enfatizam o papel crítico do diretor molecular do laboratório no estabelecimento e utilização de uma abordagem baseada em erros para o gerenciamento do risco do paciente.
"Estas recomendações abordam o desenvolvimento, otimização e validação do teste NGS, incluindo recomendações sobre a seleção de conteúdo de painéis e o racional para a fase de otimização e familiarização conduzida antes da validação do teste; a utilização de linhas de células e materiais de referência para avaliação do desempenho do ensaio; determinação da concordância percentual positiva e valor preditivo positivo para cada tipo de variante; e os requisitos para uma profundidade de cobertura mínima, além do número mínimo de amostras que devem ser utilizados para estabelecer as características de desempenho do ensaio”, escreveram os autores. Por ser um campo em rápido desenvolvimento, a AMP destacou ainda a necessidade de atualizações contínuas.
As diretrizes também advertiram que o desempenho do teste pode variar dependendo da região genômica que está sendo testada e que a variação nos resultados pode ocorrer apesar do uso dos melhores instrumentos ou do pessoal mais qualificado.
“É importante que os médicos que solicitam esses testes conheçam os laboratórios para onde referenciam seus pacientes ou o material biológico deles, entendam todo esse processo e se certifiquem de que estão frente a um teste confiável que vai impactar no sucesso do seu tratamento”, conclui Scapulatempo.
Referência: Guidelines for Validation of Next-Generation Sequencing–Based Oncology Panels - A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists - Lawrence J. Jennings, Maria E. Arcila, Christopher Corless, Suzanne Kamel-Reid, Ira M. Lubin, John Pfeifer, Robyn L. Temple-Smolkin, Karl V. Voelkerding, Marina N. Nikiforova
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmoldx.2017.01.011
