Estudo publicado no Lancet Oncology1 considerou os resultados da análise molecular de quase 6 mil tumores sólidos, abrangendo 19 tipos de câncer do Cancer Genome Atlas, para avaliar como pequenas inserções e deleções afetam os genes e a resposta ao tratamento com inibidores de checkpoint. As chamadas indels (da sigla em inglês de small insertion or deletion) representam de 16 a 25% de todos os polimorfismos do genoma humano2 e os resultados do estudo abrem novo caminho para predizer a resposta à imuno-oncologia no câncer renal.
Os pesquisadores analisaram os dados do sequenciamento de exoma de 5777 tumores sólidos e identificaram a carga de indels. Os dados foram comparados com dois grupos de controle e as previsões de neoantígenos específicos do tumor in-silico por tipo de mutação foram comparadas com análises pan-cancer, juntamente com o perfil de RNAseq nos casos de carcinoma de células renais (n = 392), também considerados na análise.
Resultados
Os carcinomas de células renais tiveram a maior proporção de mutações de indel, mais que o dobro da proporção mediana de pequenas inserções e deleções identificadas em todos os outros tipos de câncer avaliados. Evidências sugerem que os indels são uma classe mutacional altamente imunogênica, que pode desencadear maior número de neoantígenos.
Os resultados do estudo de Samra Turaljic e colegas comprovaram esse achado. A análise de neoantígenos específicos mostrou que mutações de indel foram três vezes mais presentes que as variações de um único nucleotídeo (SNV, single nucleotide variation), outra frequente condição encontrada nas derivações mutacionais.
A análise molecular na coorte de câncer renal de células claras mostrou que a presença desses neoantígenos foi associada à ativação das células T (r= 0,78) medida pela expressão positiva do antígeno CD8. Finalmente, a análise dos dados revelou que a contagem de indel foi significativamente associada à resposta ao tratamento com inibidores de checkpoint em três coortes diferentes de melanoma (p = 4 · 7 × 10-4).
Para os autores, o estudo abre importante caminho para outro potencial preditor de resposta terapêutica aos modernos imuno-oncológicos, hoje uma necessidade crescente.
O estudo está disponível na íntegra, com acesso aberto: http://www.thelancet.com/journals/lanonc/article/PIIS1470-2045(17)30516-8/fulltext
Leia mais: Mutações e marcadores de resposta a inibidores de checkpoint
Referências:
1 - Insertion-and-deletion-derived tumour-specific neoantigens and the immunogenic phenotype: a pan-cancer analysis - Samra Turajlic et al. - DOI: http://dx.doi.org/10.1016/S1470-2045(17)30516-8
2 - Mills, R. E. (9 August 2006). "An initial map of insertion and deletion (INDEL) variation in the human genome". Genome Research. 16 (9): 1182–1190. doi:10.1101/gr.4565806.